È ricordato insieme a Filemone, un pagàno di professione attore e musicista (o ballerino, secondo alcune fonti), convertito grazie alla sua testimonianza. Entrambi furono legati mani e piedi e gettati in mare ad Alessandria d'Egitto, verso il 305, sotto l'impero di Diocleziano.
Secondo l'Historia monachorum in Aegypto, Apollonio era un monaco, ordinato diacono per la sua vita esemplare. Durante le persecuzioni era solito visitare e confortare i fratelli in prigione. Incarcerato, presso Antinoe in Egitto durante le persecuzioni di Diocleziano, era fatto oggetto degli scherni dei pagani. Tra quelli che lo schernivano con maggiore veemenza, c'era un musicista famoso in tutta la regione di nome Filemone. Apollonio, invece di rispondere con rabbia agli scherni rivolti verso di lui, gli si rivolse con molta dolcezza e calore. Filemone rimase colpito e affascinato da questa capacità d'accoglienza gratuita nei suoi confornti dimostrata da Apollonio, tanto che decise di convertirsi e di professarsi anche lui cristiano davanti al giudice inquisitore. Il giudice al principio non credette alla dichiarazione di Filemone, ma poi si vide costretto a condannare anche lui al medesimo rogo con Apollonio. Grazie alle preghiere del diacono, le fiamme che già li avvolgevano furono miracolosamente spente da una pioggia e i due cristiani rimasero perfettamente illesi. Lo stupore del miracolo fu talmente grande che lo stesso giudice si convertì a Cristo. Venuto a conoscenza del fatto, il prefetto di Alessandria mandò a catturare Apollonio, Filemone e il giudice. Durante il viaggio di trasferimento Apollonio, per grazia di Cristo, riuscì a convertire anche i suoi carcerieri, tanto che tutti insieme si presentarono al Prefetto e confessarono la loro fede. Condannati a morire per annegamento, furono loro legate mani e piedi e gettati in mare. I loro corpi furono riportati a riva tutti insieme e senza danni e, per mano di cristiani pietosi, furono sepolti ad Antinoe. Presso i loro sepolcri accaddero grandi miracoli e ben presto questi diventarono mèta di pellegrinaggi e devoaione.
Nel Medioevo sant'Apollonio martire fu confuso con altri due santi, Apollo di Alessandria e Apollonio di Roma (Apollonio apologista), e la loro memoria era in comune per il 18 aprile. (ldn)